对古生物学对比相熟的友人应当都看过体系发育树，即展现分比方物种之间亲缘瓜葛远近的树。
体系发育树是怎样建设的呢？艰深来讲，亲缘瓜葛越近的物种，它们独特的状态特色也就越多，越远的物种，独特的状态特色也就越少，咱们把一系列物种的状态特色列进去，放到盘算机建立软件外面去跑，就能够跑出显示这些物种之间亲缘瓜葛的树。
然而 2022 年 4 月 20 日一篇宣布正在 Cell 上的钻研注解，状态类似的物种，它们的亲缘瓜葛纷比方定邻近！换句话说，亲缘瓜葛较远的物种，能够也领有类似的状态特色。
其切实已经往，生物学家们时常运用趋同演变来注释这个征象，要是你做进去的体系发育树，发明两个物种的亲缘瓜葛很远然而有很类似的特色，那末这便是这两个物种正在类似的情况中面对类似的抉择压力发生趋同演变造成的。
然而，也存正在一种对比极其的状况，即这两个物种继续了非常类似的先人特色，并保留且流动了上去，这些类似的先人特色向来伴跟着它们存留上去，纵然一个物种与其余的物种有较近的亲缘瓜葛，这也会致使它们与亲缘瓜葛更远的物种看起来更像。
如许说人人能够有些懵懂，咱们间接看 Cell 这篇文章中的钻研案例吧。
小山猴是从澳洲滥觞的吗？
正在南美洲，生涯着一种叫做小山猴（little mountain monkey）的有袋类哺乳动物，正在分类上它们属于微兽目（Microbiotheria），是该目标惟一现存物种。
尽管它生涯正在南美洲，然而它却正在骨骼、繁殖器官和年夜脑构造等诸多方面与澳洲的有袋类动物更类似，尤为是袋鼠、考拉等双门齿目动物。
对这类状况，最容易的注释便是，小山猴地点的微兽目，实正在滥觞自澳洲，是从澳洲有袋类内全体进来的，而且和双门齿目动物有较近的亲缘瓜葛，是从澳洲抵达南美洲的，但现实真的是如许吗？
Cell 这篇文章运用全基因组钻研注解，小山猴是澳洲有袋类动物的姊妹群，并没有滥觞自澳洲有袋类动物。
要否则便是全基因组测序展现的亲缘瓜葛错了，要否则便是小山猴与澳洲有袋类类似的特色是平行演变造成的。
进一步的钻研发明，要是咱们没有运用全基因组来构建体系发育树，而是运用与神经体系、免疫体系、骨骼状态等相干的基因来构建体系发育树，咱们就会获取与表型符合的树，恰是这些基因致使了小山猴与澳洲有袋类外部类群的类似性，而这些基因也调控了小山猴的表型。
这是没有齐全的谱系分流（incomplete lineage sorting）造成的。
没有是很艰深地说，没有齐全的谱系分流是指多个物种正在极短的光阴内从一个独特先人里分解进去，使患上某些先人基因的多态性被随机分流到分解出的分比方物种里，从而使很多个物种随机保留了相反的基因型。
为了让人人更好明白这个没有雅点，咱们能够容易用消息里的图解说一下：
咱们都晓患上，正在现生一切生物之中，与人类亲缘瓜葛近来的物种是黑猩猩，其次近的是年夜猩猩。然而钻研发明，人类的基因组里，有 15%的基因组地区是跟年夜猩猩更类似的，而没有是黑猩猩。要是咱们只钻研这些地区，咱们就会患上出人类与年夜猩猩亲缘瓜葛近来的论断。这是怎样造成的呢？
看上图，人类、黑猩猩和年夜猩猩的独特先人正在某个基因上，有紫色、蓝色、橙色、绿色的一些列基因型，正在物种分解的时刻，年夜猩猩先人继续了橙色和蓝色的基因型，人类和黑猩猩独特先人继续了橙色和蓝色的基因型。终究，年夜猩猩流动上去了蓝色的基因型，而人类和黑猩猩，跟着物种的分解，人类流动上去了蓝色基因型，而黑猩猩流动上去了晨色基因型，效果致使单看蓝色基因型人类和年夜猩猩更像。
这类状况每一每一发生正在倏地的物种分解事宜中，而且这类基因和基因反应的性状的调配与流动是随机的，由于一旦物种分解历程光阴缩短，能够会致使做作抉择对基因和性状的挑选，从而无奈体现随机性。倏地的物种造成事宜中先人基因和性状的随机调配和先辈物种的流动致使了没有齐全谱系分流的发生。
回到小山猴的钻研，钻研职员觉患上，正在现生有袋类造成的晚期，现生有袋类的先人发生过倏地的辐射演变事宜，伴跟着这些辐射演变事宜存正在的便是没有齐全谱系分流。详细能够看下图。
正在该图中，蓝色的线代表小山猴与双门齿目领有更邻近的基因，绿色的线代表小山猴与袋鼬目有更邻近的基因，要是只看这两个基因，咱们就会推测失足误的体系发育树，即小山猴与双门齿目或袋鼬目有更近的亲缘瓜葛。异样要是咱们只看这多少个基因体现的性状，咱们也会患上失足误的体系发育树。惟独全基因组做进去的体系发育树能力反馈准确的物种以前的亲缘瓜葛。
与双门齿目邻近的基因也致使小山猴正在骨骼性状上与双门齿目拥有类似特色，钻研职员应用博物馆馆藏标本肯定了小山猴的肱骨蜿蜒状态、脊柱棘突高度、门牙状态都是跟双门齿目标袋鼠和考拉更加类似。看来没有齐全谱系分流没有是只影响基因，而是真真万万地影响到了动物的性状。
然而人人有没有发明，无论哪类状况，负鼠都没有显示出没有齐全谱系分流，都处于演变树的基部。这能够与古天文无关。
澳洲有袋类的发生与澳洲和南极洲的结合无关。正在渐新世（最先于约 3390 万年前）以前，南极洲还没有是一片冰天雪地，正在澳洲和南极洲结合以前（距今约 6000 万年），有袋类动物还能够经过南极洲正在澳洲和南美洲之间跑来跑去。
然而正在距今约 6000 万年前，澳洲与南极洲结合，这时澳洲有袋类的先人与小山猴的先人离开，澳洲有袋类最先造成。
现存小山猴的天文散布位于南美洲南部，正在澳洲与南极洲离开以前，与澳洲的间隔比负鼠地点的南美洲北部更近，正在遗传上它们与澳洲有袋类有更近的亲缘瓜葛，正在古天文上它们与澳洲有袋类的独特先人能够向来生涯正在南极洲相近。这个先人与负鼠的先人很早就离开。
钻研也推测小山猴与澳洲有袋类的分解光阴是正在 6000 万年前，这与古天文数据是符合的。
总之，这项钻研注解，要是咱们正在构建物种之间的亲缘瓜葛时，只着眼于全体基因或性状，那末颇有能够就会患上失足误的论断，惟独全基因组数据能力构建出物种之间实正在的亲缘瓜葛，由于其思考最为周全。
这项钻研对古生物学有甚么意思呢？
咱们正在停止古生物学钻研的时刻，每一每一是运用状态而没有是全基因组来构建体系发育树，由于古生物一般只能生立足材造成的化石，遗传信息很难生存上去。
而古生归天石每一每一都是一些碎片，没有是生物的总体，譬如恐龙的一块骨头，虫豸的一块党羽，动物的一片叶子等等，时常就能够被用来肯定一个物种，以至放入体系发育树中构建与其余物种的亲缘瓜葛。
当初想想，要是思考上文中的没有齐全谱系分流，这些仅寄托身材全体化石建设的体系发育树，能否能实正在准确地反馈物种之间的亲缘瓜葛，有待商议。
但另一方面，值患上欣慰的是，古生物学正在考证没有齐全谱系分流中能够派上年夜用处。
对小山猴来讲，它与袋鼠和考拉邻近的骨骼特色，实正在是它们的独特先人特色，没有齐全谱系分流的工具，是先人基因和先人特色。对一切存正在没有齐全谱系分流的生物来讲都是云云。
要是咱们能够获取小山猴与双门齿目有袋类独特先人远亲的骨骼化石，咱们就能够进一步考证这类没有齐全谱系分流能否准确。由于这些化石每一每一有能够生存小山猴和双门齿目标独特祖征。
但当初思考到没有齐全谱系分流，纵然发明晰这个化石，怎样肯定这个先人的演变地位也成了一个题目。
将来，要是咱们发明运用现生物种的状态构建的体系发育树与全基因组构建的体系发育树之间存正在矛盾的话，除停止基因上的钻研，考证发生矛盾的基因与内正在的性状能否相干，还能够审查化石数据，来看看没有齐全谱系分流所代表的特色能否是祖征。
固然，咱们没有能说古生物学中运用状态建设的体系发育树便是没用的，咱们就没有建了，古生归天石只能生存状态，没有用状态用甚么？要是咱们发明古天文重修与古生物状态建设的体系发育树存正在矛盾，或与现生生物的全基因组体系发育树存正在矛盾，咱们就能够思考没有齐全谱系分流，来修改咱们的体系发育树。偶然咱们运用多数状态特色构建的古生物体系发育树与运用满身特色构建的体系发育树存正在矛盾时，咱们也能够思考没有齐全谱系分流。
最初，烦扰状态构建体系发育树的，没有光是没有齐全谱系分流，基因渐渗和趋同演变带来的状态上的类似性也能够造成烦扰，但相比之下，趋同演变正在亲缘瓜葛很远的物种中很好识别，譬如鸟类、蝙蝠、翼龙和虫豸的党羽肯定是趋同演变造成的，没有是继续自统一先人。而基因渐渗基础发生正在亲缘瓜葛很近，结合没有久的物种之间，能否会对动辄多少百万年多少万万年的多少亿年的古生物钻研造成影响并欠好说，古生物学钻研的物种之间一般相隔光阴都对比远，基因渐渗能够难以影响。然而没有齐全谱系分流的影响是深远的，纵然离开 6000 万年，小山猴依旧和考拉、袋鼠领有类似的骨骼状态。
看来，之后咱们对一切的古生物学体系树，都要以批评性的眼力去对待，而没有是齐全置信，你没有晓患上正在物种辐射演变之时会发生甚么，将甚么奇稀罕怪的先人特色流动正在瓜葛很远的物种之间，让他们看起来很近。这对咱们明白寒武纪年夜暴发、奥陶纪年夜辐射、各个年夜灭尽事宜之后生物的辐射演变，都拥有很首要的意思。
